Sonderforschungsbereiche (SFB) sind langfristig angelegte Einrichtungen, in denen Wissenschaftler fachlich benachbarter Disziplinen in fächerübergreifenden Projekten gemeinsam Forschung betreiben. Die Forschungsprogramme der Sonderforschungsbereiche sind in der Regel auf zwölf bis fünfzehn Jahre befristet und werden von der Deutschen Forschungsgemeinschaft gefördert.

• TR 49: Condensed Matter Systems with Variable Many-Body Interactions
  Sprecher: Prof. Dr. Michael Lang (Physikalisches Institut, FB Physik)
• TR 211: Strong-Interaction Matter under Extreme Conditions
  Sprecher: Prof. Dr. Dirk Rischke (Institut für Theoretische Physik, FB Physik)
  Transregio-Initiative der Unis Frankfurt, Darmstadt und Bielefeld
• SFB 807: Transport and Communication Across Biological Membranes -
  Transport und Kommunikation durch biologische Membranen
  Sprecher: Prof. Dr. Tampé (Institut für Biochemie - Zelluläre Biochemie, FB Biochemie, Chemie und Pharmazie)
• SFB 815: Redox-Regulation: Generatorsysteme und funktionelle Konsequenzen
  Sprecher: Prof. Dr. Bernhard Brüne  (Institut für Biochemie I (Pathobiochemie), FB Medizin)
• SFB 834:  Endotheliale Signaltransduktion und vaskuläre Reparatur
  Sprecherin: Prof. Dr. Ingrid Fleming (Institut for Vascular Signaling, FB Medizin)
• SFB 902: Molekulare Mechanismen der RNA-basierten Regulation
  Sprecher: Prof. Dr. Harald Schwalbe (Institut für Organische Chemie und Chemische Biologie)
• SFB 1039: Krankheitsrelevante Signaltransduktion durch Fettsäurederivate und Sphingolipide
  Sprecher: Prof. Dr. Josef Pfeilschifter (Institut für Allgemeine Pharmakologie und Toxikologie, FB Medizin)
• SFB 1080 Molekulare und zelluläre Mechanismen der neuralen Homöostase
  Sprecherin: Prof. Dr. Amparo Acker-Palmer (Institut für Zellbiologie und Neurowissenschaft, FB Biowissenschaften)
  Sprecherschaft bis 2016: Uni Mainz
• SFB 1095: Schwächediskurse und Ressourcenregime
  Sprecher: Prof. Dr. Iwo Amelung (Institut für Ostasiatische Philologien - Sinologie, FB Philosophie und Geschichtsiwssenschaften)
• SFB 1177: Molekulare und funktionale Charakterisierung der selektiven Autophagie
  Sprecher: Prof. Dr. Ivan Dikic (Institut für Biochemie II (Kardiovaskuläre Biochemie), FB Medizin)