Sonderforschungsbereiche (SFB) sind langfristig angelegte Einrichtungen, in denen Wissenschaftler fachlich benachbarter Disziplinen in fächerübergreifenden Projekten gemeinsam Forschung betreiben. Die Forschungsprogramme der Sonderforschungsbereiche sind in der Regel auf zwölf bis fünfzehn Jahre befristet und werden von der Deutschen Forschungsgemeinschaft gefördert.

• TR 23: Vascular Differentiation and Remodeling
  Sprecherschaft bis 2010: Prof. Plate (Edinger Institut, Fachbereich Medizin), ab 2011 Sprecherschaft an der Universität Heidelberg
  Transregio-Initiative der Unis Frankfurt und Heidelberg
• TR 49: Condensed Matter Systems with Variable Many-Body Interactions
  Sprecher: Prof. Dr. Michael Lang (Fachbereich Physik)
  Transregio-Initiative der Unis Frankfurt, Kaiserslautern und Mainz 
• SFB 807: Transport and Communication Across Biological Membranes -
  Transport und Kommunikation durch biologische Membranen
  Sprecher: Prof. Dr. Tampé (Fachbereich Biochemie, Chemie und Pharmazie)
• SFB 815: Redox-Regulation: Generatorsysteme und funktionelle Konsequenzen
  Sprecher: Prof. Dr. Bernhard Brüne  (Fachbereich Medizin)
• SFB 834:  Endotheliale Signaltransduktion und vaskuläre Reparatur
  Sprecherin: Prof. Dr. Ingrid Fleming (Institut for Vascular Signaling, Fachbereich Medizin)
• SFB 902: Molekulare Mechanismen der RNA-basierten Regulation
  Sprecher: Prof. Dr. Harald Schwalbe (Institut für Organische Chemie und Chemische Biologie)
• SFB 1039: Krankheitsrelevante Signaltransduktion durch Fettsäurederivate und Sphingolipide
  Sprecher: Prof. Dr. Josef Pfeilschifter (Fachbereich Medizin)
• SFB 1080 Molekulare und zelluläre Mechanismen der neuralen Homöostase
  Sprecherin: Prof. Dr. Amparo Acker-Palmer (Institut für Zellbiologie und Neurowissenschaft, Fachbereich Biowissenschaften)
  Sprecherschaft bis 2016: Uni Mainz
• SFB 1095: Schwächediskurse und Ressourcenregime (Fachbereich Philosophie und Geschichtsiwssenschaften)
  Sprecher: Prof. Dr. Iwo Amelung
• SFB 1177: Molekulare und funktionale Charakterisierung der selektiven Autophagie
  Sprecher: Prof. Dr. Ivan Dikic