Prof. Dr. Ernst Egert (†)

Forschung

Trotz ausgereifter Strategien ist die Strukturaufklärung mittels Röntgenbeugung an Kristallen keine Routineaufgabe. Eines der Forschungsziele unserer Arbeitsgruppe ist die Anwendung und Weiterentwicklung der Röntgenstrukturanalyse im Hinblick auf aktuelle Fragestellungen. Hierzu gehört die Untersuchung von supramolekularen Komplexen organischer Moleküle, welche sich nur unter zielgerichteten Kristallisationsbedingungen erhalten lassen. Wir interessieren uns unter anderem  für Konformationsänderungen während der Komplexbildung. Ein einfaches Beispiel hierfür sind Acetylhydrazone, die in Abhängigkeit von der Größe der Substituenten bevorzugt Dimere oder Polymere bilden. Wir haben diese Untersuchungen erfolgreich auf Systeme ausgedehnt, die aus verschiedenen Komponenten bestehen, und uns seit kurzem Wirkstoff/Rezeptor-Komplexen zugewandt [1].

Häufig kommt es zu erheblichen Problem bei der Lösung des kristallographischen Phasenproblems. Das von uns entwickelte Programm PATSEE hat nicht nur viele Problemstrukturen gelöst [2], sondern ist auch erfolgreich eingesetzt worden, um Kristallstrukturen aus Pulverdaten zu bestimmen, wenn kein geeigneter Einkristall zur Verfügung steht. Für den Einsatz von PATSEE müssen allerdings wesentliche Teile der dreidimensionalen Molekülstruktur bekannt sein.

Zu diesem Zweck nutzen wir das in unserer Arbeitsgruppe entwickelte Kraftfeldprogramm MOMO. Es basiert auf dem PIMM85-Kraftfeld und beinhaltet  z. B. eine Potentialfunktion für Wasserstoffbrücken, Modelle zur Berechnung atomarer Punktladungen und die Behandlung elektrostatischer Wechselwirkungen durch Multipolmomente. MOMO wurde unter dem Gesichtspunkt entwickelt, eine Umgebung für spezielle problemorientierte Erweiterungen bereitzustellen. Der Programmteil SupraMol ermöglicht beispielsweise die Berechnung supramolekularer Komplexe, die aus Molekülen mit mehreren Torsionsfreiheitsgraden gebildet sein können.

Immer wieder war es notwendig, das Programm an neue Rechnergenerationen, Betriebssysteme und Programmierwerkzeuge anzupassen. Die aktuelle Version ist in den Programmiersprachen Python und C geschrieben, weshalb wir es nun als PyMOMO bezeichnen (www.pymomo.de). Aktuell haben wir PyMOMO mittels Referenzdaten, die aus quantenmechanischen Rechnungen stammen, erfolgreich reparametrisiert [3]. Außerdem arbeiten wir an der Erfassung von C-H∙∙∙X-Wasserstoffbrücken und der Implementierung eines modernen und effizienten Solvatationsmodells.

 

[1] Q. Ton; Kristallstruktur-Design und konzeptionelle Entwicklung zur frühzeitigen Erkennung von supramolekularen Komplexen (2009), Dissertation

[2] K. Wagner, J. Hirschler, E. Egert; Structure solution with PATSEE, Z. Kristallogr. 216, 565 (2001)

[3] G. Wagner; Entwicklung und Implementierung einer Prozedur zur automatischen Parametrisierung des MOMO-Kraftfeldes (2009), Dissertation


Publikationen des AK Egert (ab 2009)

2017

"Sulfur as hydrogen-bond acceptor in cocrystals of 2-thio-modified thymine"

Hützler, W. M. & Bolte, M. (2018). Acta Cryst. C74, 21–30.
 

2016

"One barbiturate and two solvated thio­barbiturates containing the triply hydrogen-bonded ADA/DAD synthon plus one ansolvate and three solvates of their coformer 2,4-di­amino­pyrimidine"

Hützler, W. M., Egert, E.† & Bolte, M. (2016). Acta Cryst. C72, 705–715.

"6-Propyl-2-thiouracil versus 6-methoxymethyl-2-thiouracil: enhancing the hydrogen-bonded synthon motif by replacement of a methylene group with an O atom"

Hützler, W. M., Egert, E.† & Bolte, M. (2016). Acta Cryst. C72, 634–646.

"Eight new crystal structures of 5-(hy­dr­oxy­meth­yl)uracil, 5-carb­­oxy­uracil and 5-carb­­oxy-2-thio­uracil: insights into the hydrogen-bonded networks and the predominant conformations of the C5-bound residues"

Seiler, V. K., Hützler, W. M. & Bolte, M. (2016). Acta Cryst. C72, 379–388.

"6-Chloro­isocytosine and 5-bromo-6-methyl­isocytosine: again, one or two tautomers present in the same crystal?"

Gerhardt, V. & Bolte, M. Acta Cryst. (2016). C72, 84–93.

2015

"Cocrystals of 2,6-dichloroaniline and 2,6-dichlorophenol plus three new pseudopolymorphs of their coformers"

Gerhardt, V. & Bolte, M. (2015). Acta Cryst. C71, 804–813.

"Cocrystals of 6-chlorouracil and 6-chloro-3-methyluracil: exploring their hydrogen-bond-based synthon motifs with several triazine and pyrimidine derivatives"

Gerhardt, V. & Egert, E. (2015). Acta Cryst. B71, 209–220.

"Cocrystals of 6-methyl-2-thiouracil: presence of the acceptor–donor–acceptor/donor–acceptor–donor synthon"

Hützler, W. M. & Egert, E. (2015). Acta Cryst. C71, 229–238.

"Cocrystals of the antibiotic trimethoprim with glutarimide and 3,3-dimethylglutarimide held together by three hydrogen bonds"

Ton, Q.-C. & Egert, E. (2015). Acta Cryst. C71, 75–79.

"3-Cyano-6-hydroxy-4-methyl-2-pyridone: two new pseudopolymorphs and two cocrystals with products of an in situ nucleophilic aromatic substitution"

Gerhardt, V. & Bolte, M. (2015). Acta Cryst. C71, 19–25.

2014

Structural similarities among eight benzoylhydrazones

Ton, Q.-C., Bolte, M. & Egert, E. (2014). Acta Cryst. C70, 912–919.


N-H•••S and N-H•••O hydrogen bonds: pure and mixed R2,2(8) patterns in the crystal structures of eight 2-thiouracil derivatives"

Hützler, W. M. & Egert, E. (2014). Acta Cryst. C70, 241–249.


2013

Three new pseudopolymorphs of 6-aminouracil

Gerhardt, V. & Bolte, M. (2013). Acta Cryst. C69, 1402–1407.


Five pseudopolymorphs of 6-amino-2-thiouracil: absence of N-H•••S hydrogen bonds

Hützler, W. M. & Bolte, M. (2013). Acta Cryst. C69, 93–100.


2012

Pseudopolymorphs of chelidamic acid and its dimethyl ester

Tutughamiarso, M., Pisternick, T. & Egert, E. (2012). Acta Cryst. C68, o344–o350.


Cocrystals of 5-fluorocytosine. II. Coformers with variable hydrogen-bonding sites

Tutughamiarso, M. & Egert, E. (2012). Acta Cryst. B68, 444–452.


Cocrystals of 5-fluorocytosine. I. Coformers with fixed hydrogen-bonding sites

Tutughamiarso, M., Wagner, G. & Egert, E. (2012). Acta Cryst. B68, 431–443.


Intra- and intermolecular proton transfer in 2,6-diaminopyridinium 4-hydroxypyridin-1-ium-2,6-dicarboxylate

Ton, Q.-C. & Bolte, M. (2012). Acta Cryst. E68, o2860–o2861.


2,6-Diacetylpyridine-resorcinol (1/1)

Ton, Q.-C. & Bolte, M. (2012).  Acta Cryst. E68, o2699.


Conformational studies of hydantoin-5-acetic acid and orotic acid

Gerhardt, V., Tutughamiarso, M. & Bolte, M. (2012). Acta Cryst. C68, o92–o98.


2011

Two polymorphs of 1-(2-Methyl-3-oxoisoindolin-5-yl)urea

Tutughamiarso, M., Zeiger, M. & Bolte, M. (2011).  J. Chem. Cryst. 41, 1150–1153.


2,6-Bis(2-methyl-1,3-diazinan-2-yl)-pyridine

Ton, Q.-C. & Bolte, M. (2011). Acta Cryst. E67, o41.


Cocrystals of 6-propyl-2-thiouracil: N─H•••O versus N─H•••S hydrogen bonds

Tutughamiarso, M. & Egert, E. (2011).  Acta Cryst. C67, o439–o445.


A new polymorph and two pseudopolymorphs of pyrimethamine

Tutughamiarso, M. & Bolte, M. (2011).  Acta Cryst. C67, o428–434.


Pseudopolymorphs of 2,6-diaminopyrimidin-4-one and 2-amino-6-methylpyrimidin-4-one: one or two tautomers present in the same crystal

Gerhardt, V., Tutughamiarso, M., & Bolte, M. (2011).  Acta Cryst. C67, o179–o187.


Five pseudopolymorphs and a cocrystal of nitrofurantoin

Tutughamiarso, M., Bolte, M., Wagner, G. & Egert, E. (2011). Acta Cryst. C67, o18–o25.


2010

2-Amino-1-methyl-1H-imidazol-4(5H)-one dimethyl sulfoxide monosolvate

Tutughamiarso, M. & Bolte; M. (2010).  Acta Cryst. E66, o2714.


1-(4-Fluorophenyl)biguanid-1-ium chloride

Tutughamiarso, M. & Bolte, M. (2010). Acta Cryst. E66, o2648.


Amiloride hydrochloride methanol disolvate

Ton, Q.-C. & Bolte; M. (2010).  Acta Cryst. E66, o1364.


2009

2-Hydroxybenzyl alcohol–phenanthroline (1/1)

Ton, Q.-C. & Bolte, M. (2009). Acta Cryst. E65, o2936.


Bis(2,6-dicarboxypyridinium) dichloride acetone monosolvate

Ton, Q.-C. & Bolte, M. (2009).  Acta Cryst., E65, o2848.


Pyridinium-2-carboxylate–benzene-1,2-diol (1/1)

Ton, Q.-C. & Bolte, M. (2009).  Acta Cryst. E65, o2834.


New pseudopolymorphs of 5-fluorocytosine

Tutughamiarso, M., Bolte, M. & Egert, E.  (2009). Acta Cryst. C65,  o574–o578.