Open Theses for Master's-, Diploma, and Bachelor's Theses

MolBI group currently has topics and available resources for Master's, Diploma, and Bachelor's Theses.
If you are interested please contact Prof. Dr. Ina Koch.

Completed Theses

2019

Ph.D. Theses

  • Leonie Amstein, Mathematical Modelling of the Regulatory Function of Ubiquitylation in TNFR1-mediated Signal Transduction

  • Hendrik Schäfer, Bioinformatics image analysis reveals cell graphs and community structures in malignant cell populations of classical Hodgkin lymphoma

Master's Theses

  • Fabian Schubert, Bioinformatic analysis of protein-protein interactions of plasticity related proteins – Synaptopodin
  • Henrik Gollek, Bioinformatische Analyse von Cliquen-basierten Zellclustern in Bildern von gewebeschnitten des Hodgkin-Lymphoms

  • Stefan Marchi, Bioinformatische Modellierung und Analyse des Signalweges zur Regulierung der Plastizität in dendritischen Dornen – vom ODE-Modell zum Petri-Netz

  • Alisa Meyer, Zellkernsegmentierung in Bildern von Gewebeschnitten des Hodgkin-Lymphoms mithilfe eines Convolutional Neural Networks

  • Max Schmitt, Graph-Theoretic Analysis and Characterisation of Spatial Chain-Chain Contacts in Protein Complexes

  • Katharina Kramer, Bioinformatische Analyse von Assemblierungsprozessen des humanen mito-chondrialen Komplexes I basierend auf Complexome Profiling-Daten

  • Franziska Krämer, Mathematische Modellierung des kanonischen TNF-@-induzierten NF-kB-Signalweges als klassisches Petrinetz und als stochastisches Petrinet

  • Kira Trares, Mathematical modelling of the canonical and non-canonical NF-kappaB pathway using Petri net formalism

  • Ben Haladik, Exhaustive Bioinformatics Image Analysis of Recurrent and Primary Cases of Hodgkin Lymphoma using Machine Learning Techniques

Bachelor's Theses

  • Marius Kirchner, Java-Implementierung der Berechnung von minimalen semi-positiven Transitions-Invarianten nach Fourier-Motzkin


2018

Ph.D. Theses

  • Jennifer Hannig, Application and method development in computational systems biology: Petri nets to study knockouts and dynamics of Salmonella infection

  • Jan-Hendrik Trösemeier, The right word in the right place: which codons lead to optimal gene readout? (in cooperation with Paul-Ehrlich-Institut, Langen)

  • Martin Scharm, Improving Reproducability and Reuse of Modelling Results in the Life Sciences (Universität Rostock, 2nd review)

  • Gerd Anders, Informatik-gestützte Fallstudie zur Analyse von Proteinstrukturen am Beispiel der Pepsin-Resistenz von Interleukin-8 (Universität Leipzig, 2nd review)

Master's Theses

  • Niclas Wolf, Bioinformatic exploration of large protein complexes based on cryo-EM PDB data using graph-theoretic methods

  • Lutz Freytag, Die Diffusion Mal als Analyse-Werkzeug beim Complexome Profiling des mitochondrialen Komplex I

  • Borna Makaremi, Side effects and repositioning of drugs by drug target network analysis (University of Tehran, 2nd review)

  • Marie Hebel, Prediction of protein properties using machine learning methods with emphasis on thermostability

  • Tanja Raab, A comparison of two exact maximal common subgraph enumeration algorithms for automatic assignment of methyl resonances in NMR spectroscopy
  • Patrick Wurzel, Bioinformatische Bildanalyse der germinalen Zentren in Gewebeschnitten von menschlichen Lymphknoten

Bachelor's Theses

  • Marcel Gehrmann, Realisierbarkeit von T-Invarianten und Manatee-Invarianten bei gegebener Markierung am Beispiel des TNFR1-induzierten NF-kB-Signalwegs

  • Marius Kirchner, Java-Implementierung der Berechnung von minimalen semi-positiven Transitions-Invarianten nach Fourier-Motzkin


2017

Ph.D. Theses

  • Oliver Philipp, Age-dependent processes and molecular pathways of the fungal ageing model "Podospora anserina": A bioinformatics approach 

Master's Theses

  • Daniel Bruneß, Bioinformatic Network Analysis and Comparison of the Ubiquitinome and Phosphoproteome of Salmonella-infected Cells 

  • Junxi Wang, Development of statistical methods for the evaluation of biomarker pilot studies with missing values and multiclasses outcomes in R (extern, in cooperation with Prof. Dr. Frank Klawonn, HZI - Helmholtz Centre for Infection Research, Braunschweig) 
  • Michael Newrzela, Bioinformatic analysis of next-generation sequencing data using BEDTools and SAMtools

Bachelor's Theses

  • Leonard Feist, Implementierung und Analyse von synchroner und asynchroner Simulation in biochemischen Petri-Netz-Modellen anhand des NF-kB-Signalwegs

  • Johannes Gabele, Implementierung und Analyse von synchroner und asynchroner Simulation in biochemischen Petri-Netz-Modellen anhand des zentralen Kohlenstoffmetabolismus von Arabidopsis thaliana
  • Tobias Bergmann, Statistische Charakterisierung der Nachbarschaften von Zellkernen zur Erkennung von Strömungen innerhalb diffus großzelliger B-Zell-Lymphome
  • Saweeta Nasiri, Mathematical modeling of SHARPIN-dependent signaling pathways


2016

Ph.D. Theses

  • Jens Einloft, Zu Algorithmen der Analyse biochemischer Systeme

Master's Theses

  • Rebecca Gaube, Bioinformatics approaches based on depth of coverage for the detection of somatic copy number alterations – A comparative case study on data from whole exome sequencing of patients with papillary renal cell carcinoma (in cooperation with GenXPro, Frankfurt Biotechnology Innovation Center (FIZ) - Science City Frankfurt)

  • Jens Rieser, Bioinformatische Netzwerkanalyse des Ubiquitinoms von Salmonellen-infizierten Zellen

  • Hristo Todorov, Incidence of atrial fibrillation and fluid balance dynamics in cardiovascular surgery patients - a retrospective database analysis (extern, in cooperation with Fresenius Kabi Deutschland GmbH)

  • Annika Kuchenmeister, Bioinformatische Auswertung und Analyse von vier Projekten zu Toujeo, ein Basalinsulin der nächsten Generation, zur Behandlung von Typ II Diabetis zur Gewährleistung der Arzneimittelsicherheit nach Markteinführung in Deutschland (in cooperation with Sanofi Aventis Deutschland GmbH)

Bachelor's Theses

  • Börje Schweizer, Implementierung von Mauritius Maps zur graphischen Evaluierung der Interdependenz von T-Invarianten in biochemischen Netzwerken

  • Ben Haladik, Bioinformatische Anwendung von Graphlets zur Analyse von Proteinstrukturtopologien

  • Benjamin Staab, Algorithmen zur Wegfindung in biochemischen Petri-Netz-Graphen

  • Tim Mason, Bioinformatische Bewertung von Graphpartitionierungen durch cliquenbasierte Reduktion auf Gewebeschnitten des Hodgkin-Lymphoms

  • Niclas Wolf, Analyse und Vergleich von Proteinstrukturtopologiekonzepten – CATH, SCOP, PTGL

  • Julian Gruber-Roet, A Multiple Protein Structure Alignment approach using the Bron-Kerbosch algorithm

  • Andreas Scheck, Untersuchung der Topologie und Funktion von Proteinkomplexen mit Hilfe graphentheoretischer Methoden

  • Anneken Lass, Mathematische Modellierung von Mitophagie-Prozessen im Menschen mit Petri-Netzen

  • Stefan Marchi, Bioinformatische Analyse von Nachbarschaftsbeziehungen von Zellen in Gewebeschnitten des Hodgkin-Lymphoms


2015

Ph.D. Theses

  • Georgi Tushev, Quantification and Analysis of Neuropil Transcriptome in the Central Nervous System (in cooperation with MPI for Brain Reasearch)

  • Sören Müller, Bioinformatic analysis of NGS coding and non-coding transcriptome data identifies potential targets for cancer clinical trials (in cooperation with GenXPro, Frankfurt Biotechnology Innovation Center (FIZ) - Science City Frankfurt)

  • Anja Hartmann, Integrative Analyse der Struktur und Dynamik metabolischer Modelle (Martin-Luther-Universität Halle-Wittenberg, 2nd review)

Diploma Theses

  • Martin Wegner, Bioinformatics Analysis of the Protein Interaction Network of the Presynaptic Active Zone

Master's Theses

  • Vanessa Baier, Investigation of Extrapolation within Bayesian Population PBPK Modelling on the Example of Erythromycin and Midazolam (in cooperation with Sanofi Aventis Deutschland GmbH)

Bachelor's Theses

  • Daniel Bruneß, Bioinformatische Analyse von Proteinstrukturkomplexen mit Hilfe graphentheoretischer Methoden

  • Sonja Scharf, Konzeption und Implementierung von JUnit-Tests für bioinformatische Anwendungen

  • Patrick Wurzel, Bioinformatische Analyse der Kolokalisation von unterschiedlichen Zellen in Gewebeschnitten des Hodgkin-Lymphoms

  • Marie Hebel, Bioinformatische Musteranalyse histologischer Bilddaten am Beispiel des Hodgkin-Lymphoms

2014

Ph.D. Theses

  • Marc Bruckskotten, Integrative bioinformatische Datenanalyse molekular-biologischer Daten aus Hochdurchsatzverfahren im grünlichen Wassermolch Notophthalmus viridescens (in cooperation with MPI for Heart and Lung Research, Bad Nauheim)

  • Joachim Nöthen, Mathematical modeling of Arabidopsis thaliana with focus on network decomposition and reduction

Master's Theses

  • Desiree Kaufmann, Modeling alternate states of membrane transporters utilizing their inverted-fold characteristics (in cooperation with Max-Planck-Institut für Biophysik, and National Institutes of Health - National Institute of Neurological Disorders and Stroke)

  • Thomas Licht, Development of a scoring system to identify alternative spliced exons regulated by the RNA binding protein RBM 24 (in cooperation with Max-Planck-Institut für Herz- und Lungenforschung)

  • Pavel Balazki, Mathematical Modeling of Insulin Receptor Actiation (in cooperation with Sanofi Aventis Deutschland GmbH)

  • Andreas Scheck, Untersuchung der Topologie und Funktion von Proteinkomplexen mit Hilfe graphentheoretischer Methoden

  • Michael Newrzela, Gene expression profiling in a case of gray zone Lymphoma

  • Nadine Klein, Bioinformatische Analyse der Regulation von Promotorregionen des Shrew1-Gens

  • Sascha Planz, Evaluation of Advanced Clustering Algorithms as Improvement for Complexome Profiling

2013

Diploma Theses

  • Tatiana Bakirova, Comparison of Protein Topology Graphs by Graphlet-based Methods

  • Leonie Amstein, Mathematische Modellierung der Funktion von RIP1 im NF-ºB-Abzweig des TNFR1-Signalwegs

Master's Theses

  • Denis Dalic, Bioinformatische und systembiologische Analyse von Genexpressionsdaten von Hodgkin-Lymphomen

  • Jennifer Scheidel, Statistische Analyse der Zellverteilung in Hodgkin-Lymphomen auf der Basis von Bilddaten

Bachelor's Theses

  • Philipp Hülsdunk, Reachability analysis in biochemical Petri nets

  • Marcus Keßler, Bioinformatics investigations of protein complexes using graph-theoretical methods

  • Lilya Mirzoyan, Bewertung von Knoten in Petrinetzen mit Hilfe von Zentralitätsmaßen

  • Daniel Noll, Biologisch relevante, graphentheoretische Eigenschaften von Petri-Netzen und deren Implementierung

  • Jens Rieser, Zum Alignment freien Vergleich von biologischen Sequenzen

  • Eugenius Sontak, Zur Registrierung medizinischer Bilddaten von Hodgkin-Lymphomen

2012

Ph.D. Theses

  • Thomas Meinel, Repräsentation von Biomolekülen und Bioereignissen durch Profile und Matrizen, deren Vergleich durch Metriken und ihre Bedeutung in der Biomedizin (Humboldt-Universität zu Berlin - Charité, 2nd review)

Diploma Theses

  • Nathim Al-Saggaf, Mathematische Modellierung von genregulatorischen Netzwerken

  • Heiko Giese, Bioinformatische Untersuchungen in der Proteomik: Analyse von Komplexbildungsprozessen

  • Susanne Lipp, Quasispeziesmodelle angewendet auf die Codonverteilung in E.coli (in cooperation with Paul-Ehrlich-Institut)

  • Janette Nickel, Analyse und Vorhersage von Interaktionen synaptischer Proteine (second reviewer)

  • Nils Reuße, Vorhersage von Phosphat-Interaktionsstellen auf Proteinoberflächen (second reviewer)

  • Frank Stämmler, Modellierung von Arachidonsäure-Pathways mit Petrinetzen

  • Daniel Vontz, Theoretische Untersuchungen zum Alternativen Spleißen, insbesondere bezüglich der Funktion und der Visualisierung der Ergebnisse

  • Alexander Schmitz, Bioinformatical Analyses of Medical Image Data for Cell Recognition

  • Oliver Philipp, Analyse des altersabhängigen Transkriptoms im Ascomyceten Podospora anserina unter besonderer Berücksichtigung von Genen der Atmungskette

  • Thomas Weber, Entwurf und Implementierung von Spielzenarien zu Zellerkennung und Zellbewegung von Hodgkin-Lymphomen

Master's Theses

  • Ralf Hauenschild, Development of Algorithms for Analysis of Alternative Polyadenylation in Human Transcripts (in cooperation with GenXPro, Frankfurt Biotechnology Innovation Center (FIZ) - Science City Frankfurt)

  • Jenia Schlegel, Netzwerkvalidierung und Anwendung der Q-Modularität auf bipartite, gerichtete Graphen, insbesondere Petrinetze

Bachelor's Theses

  • Marcel Rebig, Entwurf und Implementierung von Konzepten der Netzwerkzerlegung auf der Grundlage der Q-Modularität

  • Pavel Balazki, Entwurf und Implementierung eines stochastischen Simulators für Petrinetze nach dem Gillespie-Algorithmus

2011

Ph.D. Theses

  • Volker Hähnke, Text-Based Similarity Searching for Hit- and Lead-Candidate Identification (2nd review)

  • Sayed-Amir Marashi, Constraint-Based Analysis of Substructures of Metabolic Networks (Freie Universität Berlin, 2nd review)

  • Jörn Behre, Structural modelling and robustness analysis of complex metabolic networks and signal transduction cascades (Friedrich-Schiller-Universität Jena, 2nd review)

Diploma Theses

  • Hendrik Schäfer, Theoretische Untersuchungen des alternative Spleißens auf unterschiedlichen Beschreibungsebenen

  • Tim Schäfer, Analysis of protein structure topologies by graph theoretical methods

Bachelor's Theses

  • Pascal Gottmann, Implementierung von Algorithmen zur Untersuchung von Proteinstrukturtopologien

  • Mariya Mazur, Modeling of Processes of the Duchenne Muscular Dystrophy (DMA) with a Boolean Approach

  • Thomas Licht, In silico prediction of conserved microRNA targest of the shrew-1/AJAP1 gene (in cooperation with Prof. Dr. Anna Starzinski-Powitz, FB 15 - Biowissenschaften, AG Humangenetik für Biologen)

  • Jens Preußner, Evaluation von Methoden zur de novo Transkiptomassemblierung basierend auf Datensätzen aus Sanger- und Next-Geration Sequencing (extern, in cooperation with Dr. Mario Looso, Max-Planck-Institut für Herz- und Lungenforschung Bad Nauheim)

  • Jennifer Scheidel, Mathematische Modellierung von Prozessen der Insulinresistenz der Muskelzelle (extern, in cooperation with Dr. Klaus Lindauer, Sanofi-Aventis Deutschland GmbH)

  • Susann Vorberg, Homologiemodellierung, Struktur-Wirkungsbeziehungen und Selektivitätsanalysen von SGLT Transportern (extern, in cooperation with Dr. Christian Buning, Sanofi-Aventis Deutschland GmbH)

2009

Diploma Theses

  • Joachim Nöthen, Metabolitnetzwerke in Pflanzen (in cooperation with Prof. Dr. Enrico Schleiff, FB 15 - Biowissenschaften, AG Molekulare Zellbiologie der Pflanzen)