Seminar: Aktuelle Themen der Systembiologie

Masterstudiengang Bioinformatik, Modul M-ASB-S, ECTS: 5 CP

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Aktuelles

Für euren Vortrag, sucht euch bitte ein Thema aus dem Program der ICSB 2023 in Hartford, Connecticut, USA https://icsb2023.bioscience-ct.net/ und schickt mir euer Thema möglichst frühzeitig per Email.


AktThSB23/24:

No. Termin

Vortragende

Opponent No. Chair No.   Paper
1 22.  November 2023  Luca  10  7  1_Ruscone_2023.pdf: Multiscale model of the different modes of cancer cell
invasion
3    Colin  12  9 3_Steyaer2023.pdf: Multimodal deep learning to predict prognosis in adult and pediatric brain tumors.
           
4 29.  November 2023  Lea  13  10  4_Lazar_2022.pdf: Mapping the Cell-Membrane Proteome to the Cancer Hallmarks
5    Judith  14  11 5_Nielsen_2020.pdf: Model to Link Cell Shape and Polarity with Organogenesis
6    Lucie  15  12  6_Pizzurro_2021.pdf: 3D Model of the Early Melanoma Microenvironment Captures Macrophage Transition into a Tumor-Promoting Phenotype
           
7 6. Dezember 2023  Alexander  16  13  7_Egami_2021.pdf: Trans-omic analysis reveals obesity-associated dysregulation of inter-organ metabolic cycles between the liver and skeletal muscle
8    Lucas  17  14  8_Cres_2023.pdf: DL-TODA: A Deep Learning Tool for Omics Data Analysis
9    Felix  18  15  9_Chae_2023.pdf: Spatially coordinated collective phosphorylation filters spatiotemporal noises for precise circadian timekeeping
2    Florian  11   8   2_Benkirane_2022.pdf: CustOmics: A versatile deep-learning based
strategy for multi-omics integration
           
10 13. Dezember 2023   Markus  1  16  10_Agmon_2022.pdf: Vivarium: an interface and engine for integrative
multiscale modeling in computational biology
11    Dennis  2  17 11_Imoto_2022.pdf:  A text-based computational framework for patient -specific modeling for classification of cancers
12    Julia  3  18  12_Hu_2023.pdf: Identification of hub genes and immune infiltration in ulcerative colitis using bioinformatics.
           
    Am  10. Januar 2024 online per zoom!
 13    Therese   4  1  
 14    Jannis   5  2  14_Tian_2023.pdf: Role of epithelial barrier function in inducing type 2 immunity
following early-life viral infection
 15    Christian   6  3  15_Sweatt_2023.pdf: Proteome-wide copy-number estimation from transcriptomics
           
 16   17. Januar 2024  Adrian  7  4  16_Liao_2022.pdf: Relative enrichment of oral bacteria in feces indicates loss of intestinal commensals with implications for host health
 17    Lara  8  5  17_Ahmed_2021.pdf: CLARINET: efficient learning of dynamic network models
from literature
 18    Alex  9  6  18_ AliElah_2021.pdf: Guide to mechanical characterization of articular cartilage and hydrogel constructs based on a systematic in silico parameter sensitivity analysis

Jeder Vortragende hat unter "No." eine Nummer (1-18) zugeordnet. Sucht eure  Nummer unter "Opponent No." und "Chair No.". An diesen Tagen seit ihr Opponent bzw. Chair.


Regeln zum Seminar: Aktuelle Themen der Sytembiologie, AktThSB WS 23/24

Jörg Ackermann

· Es sollen Journal-Artikel erarbeitet und im Seminar vorgestellt werden. Die Seminarteilnahme ist Pflicht.
· Der Vortrag (auf Englisch, ebenso wie die Folien, 20 - 30 Minuten) soll auf die Motivation, Methode, Ergebnisse eingehen und eine eigene Bewertung beinhalten. Wenn möglich, sollen die Autoren vorgestellt werden und der "Rang" der Arbeit eingeschätzt werden (Zitations, impact factor Journal). Versucht Text auf den Folien zu minimieren und Bilder zu nutzten. Die Anzahl der Folien sollte möglichst 20-25 nicht überscheiten.
·

Jedem Vortragenden  ist ein Opponent und Chair zugeteilt.

Der Chair ist für die Organisation der Session verantwortlich. Er stellt den Vortragenden vor und moderiert die Fragen. Er achtet darauf, dass sich alle Zuhörer regelmässig mit Fragen beteiligen. Dabei muss nicht jeder Zuhörer immer eine Frage stellen. Zuhörer, die selten Fragen stellen soll er aber aktiv auffordern.  Nach der wissenschaftlichen Fragerunde moderiert der Chair das feedback durch die Zuhörer. Auch beim feedback hat der Chair für eine regelmässige und gleichmässige Beteiligung zu sorgen.

Opponenten sollen sich Fragen ausdenken, d.h. sie müssen sich ebenfalls mit dem Manuskript beschäftigen. Der Opponent trägt die Verantwortung für den wissenschaftlichen Inhalt des Vortrages.  Für Fehler des Vortragenden muss immer der Opponent die Folgen tragen, nie der Vortragende.Der Opponent kann die Folgen für sich vermeiden wenn er auf inhaltliche Fehler des Vortragenden aufmerksam macht. Für den Vortragenden hat die "Opposition" keine negativen Folgen (notenmässig).

· Jeder Teilnehmer muss mindestens eine Frage pro Seminartag stellen.  

· Es ist ein maximal 3-seitiges Essay in LaTeX zu verfassen, siehe unten. Es sind keine Abbildungen und Formeln zugelassen.
· Die Essays (tex- und pdf-Datei) und die entgültigen Vortragsfolien sind bis spätestens zwei Wochen nach dem letzten Vortrag einzureichen.
· Jeweils eine Woche vor eurem Vortrag schickt ihr mir euren Vortrag. Gegebnfalls besprechen wir den den Vortrag per zoom. Eine Woche vorher sollten die Folien (fast) fertig sein.
· Am Schluss jedes Seminars bewertet ihr die Vorträge nach folgenden Kriterien:
     Gut:  (Hoffentlich wird/war mein Vortrag genauso gut!)
  Sehr gut:  (So einen guten Vortrag würde ich auch mal gerne halten können!)
  Exzellent:   (Boah! Solch einen guten Vortrag werde ich nie im Leben hinkriegen!)
    Was war gut? Verbesserungsvorschläge?

Verwendet bitte euere Studentenden Email Adresse. Leidet eure Email bitte nicht automatisch an andere Adressen weiter. Oft  steht die Uni auf der blacklist von fremden Email Providern und meine Emails an Euch werden dann blockiert. 

Das Seminar ist eine Präsenzveranstaltung mit Anwesenheitspflicht.

Was muss ich machen um das Seminar erfolgreich abzuschließen?
Ihr müsst aktiv am Seminar teilnehmen. Dafür müsst ihr anwesend sein und Fragen stellen. Zusätzlich müsst ihr vier Aufgaben erfüllen:
 - einen Vortrag moderieren
 - zu einem Vortrag die Rolle des Opponenten übernehmen
 - einen eigenen Vortrag halten
 - eine kurzes Essay (Aufsatz) schreiben

Welche Bedingungen werden an der Vortrag gestellt?
Die Sprache ist Englisch. Der Vortrag muss 20-30 Minuten lang sein.

Worüber soll ich einen Vortrag halten?
Für euren Vortrag, sucht euch bitte ein Thema aus dem Program der ICSB 2023 in Hartford, Connecticut, USA https://icsb2023.bioscience-ct.net/ und schickt mir euer Thema möglichst frühzeitig per Email.  Ihr dürft euch auch auf Teilaspekte der Arbeit beschränken. Dabei wäre es schön wenn ihr auch bio-informatische Aspekte mit berücksichtigt. Informiert euren Opponent.

Wann muss ich den Essay abgeben und was soll darin stehen?
Nach Ende des Seminars, nachdem ihr euren Vortrag gehalten habt, einmal Moderator und einmal Opponent wart, viele Fragen gestellt habt und  viel Neues gelernt habt (hoffentlich)  schließt ihr das Seminar mit Abgabe des Essay ab.

Das Essay müsst ihr mit Latex schreiben. Gebt das pdf und den Latex Quelcode ab. Das Essay darf ein bis maximal drei Seite lang sein. Die Sprache ist Englisch oder Deutsch. Das Essay gebt ihr bis 14 Tage nach dem Seminar ab.


Im Essay solltet ihr euch mit eurem Vortrag auseinandersetzen. Darin sollte NICHT der Inhalt eures Vortrages wiederholt oder zusammengefasst werden. Macht euch Gedanken darüber, was die Zielstellung eures Vortrages war (u.U. abgesehen davon eine möglichst gute Bewertung zu bekommen):
Was wollte ich vermitteln? Welche Mittel wählte ich dazu?  Waren die Mittel/Inhalte auf die Zielgruppe, meine Mitstudenten, angebracht? Wie passt der Vortag in die gesamte Reihe der Vorträge und erfüllt der Vortag eine Funktion im Kontext des Gesamtthemas? Passen meine Mittel zur Tageszeit und zu dem zu erwartenden Ermüdungsgrad der Zuhörer? Wie war die Kritik des Opponenten? Wie habe ich meine Rolle als Opponent und Moderator erfüllt?
Ganz wichtig zu eurem Vortrag: Hat alles so funktioniert wie ich dachte? Wie habe ich mich gefühlt (nervös?) und wie bin ich damit umgegangen? Was hat nicht funktioniert und was sollte ich versuchen beim nächsten Vortrag besser zu machen? Wie waren die Reaktionen der anderen Studenten? Waren meine Zuhörer aufmerksam oder haben ich sie manchmal verloren?  Waren die Fragen nett?
Eine Art rückblickende Reflektion der Vorbereitung, Durchführung und der Reaktion auf euren Vortrag.


Liebe Grüße
   Jörg