Bachelor-Modul  Algorithmen und Modelle der Bioinformatik

Vorlesung, Übung, Praktikum, siehe qis

qis: Algorithmen und Modelle der Bioinformatik

Anmeldung

Bitte füllen Sie bitte das Anmeldeformular in der ersten Verasnstaltung aus.

Anmerkung: Bitte richten Sie sich ein Alias für Ihre studentische E-Mail Adresse ein. 

Vorlesung

Der Vorlesungsstoff insbesondere zu String-Algorithmen lehnt sich  eng an das Buch „Introduction to Algorithms“ von Corman, Leiserson, Rivest, (Stein), MIT Press, (frei verfügbar unter Introduction to Algorithms).

Vorlesungsunterlagen

Übungen

Es gibt die Vorlesung begleitende Übungsblätter, die Sie lösen und dann gemeinsam mit den Tutoren besprechen. Sowohl die Übungen als auch das Praktikum wird von Tutoren betreut.

Übungsunterlagen

Praktikum  

Im Praktikum implementieren Sie Algorithmen, die in der Vorlesung behandelt wurde. Die Implementierungen sind in kleine bioinformatische Aufgaben eingebettet. Die korrekte Funktion der Algorithmen und die korrekte Lösung der Aufgaben wird von den Tutoren abgenommen. Kommentare des Quesscodes sind Pflicht. Es besteht genau einmal die Möglichkeit die Aufgaben nachzubessern.

Der erfolgreiche Abschluss des Praktikums ist Prüfungsvoraussetzung.

Praktikumsunterlagen

Prüfungen

Die mündlichen Prüfungen finden vom 17.07.2023-20.07.2023 und vom 01.08.2023-03.08.2023 statt.

Wiederholungsprüfungen vergangener Semester finden vom 17.07.2023-20.07.2023 statt. Vereinbaren Sie den Termin am 27.6.2023 oder am 28.6.2023 bei Frau Geiß von 8:30 -11:00. Nicht angemeldete Wiederholungsprüfungen führen zu einem Fehlversuch!

Teilnehmer mit bereits bestandenem Praktikum aus dem Vorjahr werden vom 17.07.2023-20.07.2023 geprüft. Vereinbaren Sie den Termin hierzu am 27.6.2023 oder am 28.6.2023 bei Frau Geiß von 8:30 -11:00

Teilnehmer, die das Praktikum in diesem Semester abschließen,  werden vom 01.08.2023-03.08.2023 geprüft. Vereinbaren Sie den Termin hierzu am 10.7.2023 oder am 11.7.2023 bei Frau Geiß von 8:30 -11:00.

Bitte melden Sie sich bei Frau Geiß persönlich an. Frau Geiß ist vormittags im Raum 18 der Robert-Mayer-Str. 11-15 erreichbar. 

Die Termine für die nächsten Nachprüfungen liegen im Februar oder März 2024. Das Anmeldeformular für mündliche Prüfungen finden Sie auf der Downloadseite des Prüfungsamtes:

Anmeldeformular mündliche Modulabschlusprüfung

Das Formular bitte ausfüllen und unterschreiben.  Mit dem Formular können Sie die Uhrzeit  der Prüfung vereinbaren.  Für die Festlegung der Uhrzeit  kommen Sie persönlich  zu

Frau Scheidemantel-Geiß, Robert-Mayer-Strasse 11-15, Raum 18 (Informatikgebäude, Erdgeschoss, neben dem Prüfungsamt).

Über Änderungen der Uhrzeit der Prüfung werden Sie gegebenfalls per Email informiert.  Bis zu sieben Tage vor der Prüfung können Sie sich beim Prüfungsamt wieder abmelden.


AMBI 2023

Termine  Di. (HS 15), Mi. (HS 15), 14:00-15:30

Inhalt

  Unterlagen

00_Studienanleitung_InaKoch.pdf

Di., 11.04.2023

  Grundlagen,

  Naives String-Matching

 01_VL_StringMatching_InaKoch.pdf

 02_AP_Laufzeit_InaKoch.pdf

Mi., 12.04.2023

  Rabin-Karp

 01_VL_StringMatching_InaKoch.pdf

Di., 18.04.2023

  Endlicher Automat

 01_VL_StringMatching_InaKoch.pdf

Mi., 19.04.2023

  Knuth-Morris-Pratt 

 01_VL_StringMatching_InaKoch.pdf 

Di., 25.04.2023

  Boyer-Moore  

 01_VL_StringMatching_InaKoch.pdf

 03_OP_p762_BoyerMoore.pdf

Mi., 26.04.2023 

  Suffix-Bäume (WOTD)

 04_VL_SuffixTrees_InaKoch.pdf

Di., 02.05.2023 

  Suffix-Bäume (Ukkonen)

 05_AP_BucketSort_InaKoch.pdf

 05A_GraphenDurchlaufstrategienKoch.pdf

Mi., 03.05.2023

  Dynamische Programmierung

 06_VL_DynamicProgramming_InaKoch.pdf

 07_OP_NeedlemanWunsch.pdf

Di., 09.05.2023  

  Substitutionsmatrizen

 08_VL_SubstitutionMatrices_InaKoch.pdf

Mi., 10.05.2023

  Multiple Sequence Alignment, 

  T-COFFEE

 09_VL_MultipleSequenceAlignment_InaKoch.pdf

 10_VL_T-COFFEE_Notredame.pdf

 11_OP_T-coffee_paper.pdf

Di., 17.05.2023

  Clustern

 12_VL_Clustering_InaKoch.pdf

 13_AP_GO_AlbinKunert.pdf

Mi., 19.05.2023

  Cliquen, Bron-Kerbosch

 12_VL_Clustering_InaKoch.pdf

 14_OP_p575_BronKerbosch.pdf

Di., 23.05.2023

  Bi-Clustern

 12_VL_Clustering_InaKoch.pdf

 15_OP_Biclustering_SerinVingron.pdf

Mi., 24.05.2023

  Zufall, Zufallsvariable

  JA01_Wahrscheinlichkeitsraum_24052023.pdf

Di., 30.05.2023

  Stochastischer Prozess,

  Markov-Kette, 

  Hidden Markov-Modell (HMM)

  JA02_StochastischerProzess_30052023.pdf

Mi., 31.05.2023 

  Viterbi-Algorithmus

 JA03__Viterbi_31052023.pdf

 JA03B_CpG_Inseln_32052023.pdf

Di., 06.06.2023

  Chemisches Massenwirkungs-

  gesetz

 JA04_MassActionPrinciple_06062023.pdf
Mi., 07.06.2023 

  Steady-States von Reaktions-

  systemen

  lokale Stabilität von Steady-State

  Lottka -Volterra-System

  Michaelis-Menten-Kinetik

  Ratenvektor

  stöchiometrische Matrix

 JA05_SteadyStateStabilitaet_07062023.pdf
Di., 13.06.2023

  Bifurkationsanalyse

  Sattepunkt- und Hopf-

  Bifurkation

  Gray-Scott-Modell

 JA06_BifurkationaAnalyse_13062023.pdf
Mi., 14.06.2023   siehe oben  
Di., 20.06.2023

  Netzwerkzerlegung       

  Modularisierung

  Q-Modularität

 JA07_NetzwerkZerlegung_20062023.pdf
Mi., 21.06.2023 

  siehe oben

 
Di., 27.06.2023

  Spektrale Bisektion

 JA08_SpektraleBisection_27062023.pdf

Mi., 28.06.2023

  Kernighan-Lin-Algorithmus

 

Di., 04.07.2023

  Petri-Netze

 16_VL_PetriNets_InaKoch.pdf

 17_AP_KEGG_Heiderich_Krzyzaniak.pdf

 Mi., 05.07.2023   Petri-Netze  16_VL_PetriNets_InaKoch.pdf
 Di., 11.07.2023   Fragestunde  18_VL_PetriNets_InaKoch.pdf

Prüfungsthemen:

1) Stringalgorithmen

2) Suffix-Bäume

3) Multiples Sequenzalignment / T-Coffee

4) Dynamische Programmierung, Substitutionsmatrizen

5) Stochastischer Prozeß, Markow Modelle und HMM, Viterbi-Algorithmus

6) Chemisches Massenwirkungsgesetz / Massaction / Gleichgewichte, Bifurkationsanalyse und Stabilität

7) Clusteranalyse/ Metriken

8 ) Bron-Kerbosch-Algorithmus / Cliquen

9) Bisektion / Modularisierung von Netzwerken

10) Biclustern

11) Petri-Netze