Bachelor-Modul Algorithmen und Modelle der Bioinformatik
Vorlesung, Übung, Praktikum, siehe qis
qis: Algorithmen und Modelle der Bioinformatik
Anmeldung
Bitte füllen Sie bitte das Anmeldeformular in der ersten Verasnstaltung aus.
Anmerkung: Bitte richten Sie sich ein Alias für Ihre studentische E-Mail Adresse ein.
Vorlesung
Der Vorlesungsstoff insbesondere zu String-Algorithmen lehnt sich eng an das Buch „Introduction to Algorithms“ von Corman, Leiserson, Rivest, (Stein), MIT Press, (frei verfügbar unter Introduction to Algorithms).
Übungen
Es gibt die Vorlesung begleitende Übungsblätter, die Sie lösen und dann gemeinsam mit den Tutoren besprechen. Sowohl die Übungen als auch das Praktikum wird von Tutoren betreut.
Praktikum
Im Praktikum implementieren Sie Algorithmen, die in der Vorlesung behandelt wurde. Die Implementierungen sind in kleine bioinformatische Aufgaben eingebettet. Die korrekte Funktion der Algorithmen und die korrekte Lösung der Aufgaben wird von den Tutoren abgenommen. Kommentare des Quesscodes sind Pflicht. Es besteht genau einmal die Möglichkeit die Aufgaben nachzubessern.
Der erfolgreiche Abschluss des Praktikums ist Prüfungsvoraussetzung.
Prüfungen
Die mündlichen Prüfungen finden vom 17.07.2023-20.07.2023 und vom 01.08.2023-03.08.2023 statt.
Wiederholungsprüfungen vergangener Semester finden vom 17.07.2023-20.07.2023 statt. Vereinbaren Sie den Termin am 27.6.2023 oder am 28.6.2023 bei Frau Geiß von 8:30 -11:00. Nicht angemeldete Wiederholungsprüfungen führen zu einem Fehlversuch!
Teilnehmer mit bereits bestandenem Praktikum aus dem Vorjahr werden vom 17.07.2023-20.07.2023 geprüft. Vereinbaren Sie den Termin hierzu am 27.6.2023 oder am 28.6.2023 bei Frau Geiß von 8:30 -11:00.
Teilnehmer, die das Praktikum in diesem Semester abschließen, werden vom 01.08.2023-03.08.2023 geprüft. Vereinbaren Sie den Termin hierzu am 10.7.2023 oder am 11.7.2023 bei Frau Geiß von 8:30 -11:00.
Bitte melden Sie sich bei Frau Geiß persönlich an. Frau Geiß ist vormittags im Raum 18 der Robert-Mayer-Str. 11-15 erreichbar.
Die Termine für die nächsten Nachprüfungen liegen im Februar oder März 2024. Das Anmeldeformular für mündliche Prüfungen finden Sie auf der Downloadseite des Prüfungsamtes:
Anmeldeformular mündliche Modulabschlusprüfung
Das Formular bitte ausfüllen und unterschreiben. Mit dem Formular können Sie die Uhrzeit der Prüfung vereinbaren. Für die Festlegung der Uhrzeit kommen Sie persönlich zu
Frau Scheidemantel-Geiß, Robert-Mayer-Strasse 11-15, Raum 18 (Informatikgebäude, Erdgeschoss, neben dem Prüfungsamt).
Über Änderungen der Uhrzeit der Prüfung werden Sie gegebenfalls per Email informiert. Bis zu sieben Tage vor der Prüfung können Sie sich beim Prüfungsamt wieder abmelden.
AMBI 2023
Termine Di. (HS 15), Mi. (HS 15), 14:00-15:30 |
Inhalt |
Unterlagen 00_Studienanleitung_InaKoch.pdf |
Di., 11.04.2023 |
Grundlagen, Naives String-Matching |
01_VL_StringMatching_InaKoch.pdf 02_AP_Laufzeit_InaKoch.pdf |
Mi., 12.04.2023 |
Rabin-Karp |
01_VL_StringMatching_InaKoch.pdf |
Di., 18.04.2023 |
Endlicher Automat |
01_VL_StringMatching_InaKoch.pdf |
Mi., 19.04.2023 |
Knuth-Morris-Pratt |
01_VL_StringMatching_InaKoch.pdf |
Di., 25.04.2023 |
Boyer-Moore |
01_VL_StringMatching_InaKoch.pdf 03_OP_p762_BoyerMoore.pdf |
Mi., 26.04.2023 |
Suffix-Bäume (WOTD) |
04_VL_SuffixTrees_InaKoch.pdf |
Di., 02.05.2023 |
Suffix-Bäume (Ukkonen) |
05_AP_BucketSort_InaKoch.pdf 05A_GraphenDurchlaufstrategienKoch.pdf |
Mi., 03.05.2023 |
Dynamische Programmierung |
06_VL_DynamicProgramming_InaKoch.pdf 07_OP_NeedlemanWunsch.pdf |
Di., 09.05.2023 |
Substitutionsmatrizen |
08_VL_SubstitutionMatrices_InaKoch.pdf |
Mi., 10.05.2023 |
Multiple Sequence Alignment, T-COFFEE |
09_VL_MultipleSequenceAlignment_InaKoch.pdf 10_VL_T-COFFEE_Notredame.pdf 11_OP_T-coffee_paper.pdf |
Di., 17.05.2023 |
Clustern |
12_VL_Clustering_InaKoch.pdf 13_AP_GO_AlbinKunert.pdf |
Mi., 19.05.2023 |
Cliquen, Bron-Kerbosch |
12_VL_Clustering_InaKoch.pdf 14_OP_p575_BronKerbosch.pdf |
Di., 23.05.2023 |
Bi-Clustern |
12_VL_Clustering_InaKoch.pdf 15_OP_Biclustering_SerinVingron.pdf |
Mi., 24.05.2023 |
Zufall, Zufallsvariable |
JA01_Wahrscheinlichkeitsraum_24052023.pdf |
Di., 30.05.2023 |
Stochastischer Prozess, Markov-Kette, Hidden Markov-Modell (HMM) |
JA02_StochastischerProzess_30052023.pdf |
Mi., 31.05.2023 |
Viterbi-Algorithmus |
JA03__Viterbi_31052023.pdf JA03B_CpG_Inseln_32052023.pdf |
Di., 06.06.2023 |
Chemisches Massenwirkungs- gesetz |
JA04_MassActionPrinciple_06062023.pdf |
Mi., 07.06.2023 |
Steady-States von Reaktions- systemen lokale Stabilität von Steady-State Lottka -Volterra-System Michaelis-Menten-Kinetik Ratenvektor stöchiometrische Matrix |
JA05_SteadyStateStabilitaet_07062023.pdf |
Di., 13.06.2023 |
Bifurkationsanalyse Sattepunkt- und Hopf- Bifurkation Gray-Scott-Modell |
JA06_BifurkationaAnalyse_13062023.pdf |
Mi., 14.06.2023 | siehe oben | |
Di., 20.06.2023 |
Netzwerkzerlegung Modularisierung Q-Modularität |
JA07_NetzwerkZerlegung_20062023.pdf |
Mi., 21.06.2023 |
siehe oben |
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Di., 27.06.2023 |
Spektrale Bisektion |
JA08_SpektraleBisection_27062023.pdf |
Mi., 28.06.2023 |
Kernighan-Lin-Algorithmus |
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Di., 04.07.2023 |
Petri-Netze |
16_VL_PetriNets_InaKoch.pdf 17_AP_KEGG_Heiderich_Krzyzaniak.pdf |
Mi., 05.07.2023 | Petri-Netze | 16_VL_PetriNets_InaKoch.pdf |
Di., 11.07.2023 | Fragestunde | 18_VL_PetriNets_InaKoch.pdf |
Prüfungsthemen:
1) Stringalgorithmen
2) Suffix-Bäume
3) Multiples Sequenzalignment / T-Coffee
4) Dynamische Programmierung, Substitutionsmatrizen
5) Stochastischer Prozeß, Markow Modelle und HMM, Viterbi-Algorithmus
6) Chemisches Massenwirkungsgesetz / Massaction / Gleichgewichte, Bifurkationsanalyse und Stabilität
7) Clusteranalyse/ Metriken
8 ) Bron-Kerbosch-Algorithmus / Cliquen
9) Bisektion / Modularisierung von Netzwerken
10) Biclustern
11) Petri-Netze