Die Zentralverwaltung gliedert sich in den Präsidialbereich (Präsidialbüro, PR & Kommunikation, Forschung und Nachwuchs, Lehre und Qualitätssicherung sowie Private Hochschulförderung) und den dem Kanzler unterstellten Bereich der Verwaltung (Studierenden-, Personal- und Finanzverwaltung) sowie technische Dienste.
Gremien der Universität sind die Organe der Stiftung und weitere Gremien und Foren. Während die Organe der Stiftung gesetzlich verankert sind, hat die Universität weitere Gremien und Foren im Rahmen ihrer Selbstverwaltung festgelegt. Neben dem Präsidium als Leitungsgremium der Universität sind weitere zentrale Organe der Senat, der Hochschulrat und das Stiftungskuratorium.
In der Universität gibt es eine Reihe von Beauftragten,
Vertrauenspersonen sowie Ombudsmännern. Neben dem Personalrat als der Interessenvertretung aller Beschäftigten der Universität bestehen mit der Schwerbehindertenvertretung und der Jugend- und Auszubildendenvertretung zwei weitere, die die Interessen einzelner Bedienstetengruppen vertreten. Das Sicherheits-Management-Team (SMT) ist für die Initiierung, Kontrolle und Umsetzung der IT-Sicherheit an der Goethe-Universität zuständig.
Neben dem Personalrat als der Interessenvertretung aller Beschäftigten der Universität bestehen mit der Schwerbehindertenvertretung und der Jugend- und Auszubildendenvertretung zwei weitere, die die Interessen einzelnen Bedienstetengruppen vertreten.
