Leitungsgremium der Universität ist das Präsidium, dem der Präsident, die vier Vizepräsidenten*innen sowie der Kanzler angehören. Im Präsidium führt der Präsident den Vorsitz und verfügt über die Richtlinienkompetenz. Er wird von der Mehrheit der Wahlversammlung gewählt und vertritt die Hochschule nach außen. Der Kanzler leitet die Hochschulverwaltung nach den Richtlinien des Präsidiums und ist Beauftragter für den Haushalt.

Die Goethe-Universität ist eine Stiftungsuniversität mit öffentlich-rechtlichem Status. Das Land Hessen hat die Fachaufsicht in die Hände der hochschuleigenen Gremien gelegt. Der mit externen Mitgliedern besetzte Hochschulrat sowie der in wirtschaftlichen Angelegenheiten abschließend zuständige Wirtschafts- und Finanzausschuss (WFA) handeln als Aufsichtsgremien der Universität.

Im Jahr 2008 knüpfte die Goethe-Universität mit der Umwandlung in eine Stiftungsuniversität an die Frankfurter Stiftungstradition an. Folgerichtig konstituierte sich am 19. Mai 2008 das Stiftungskuratorium bei der Neuerrichtung der Stiftungsuniversität.

Die Dekanerunde ist ein internes Beratungsgremium bestehend aus den Dekanen aller Fachbereiche sowie dem Präsidium der Universität.

Die Studiendekanerunde wurde 2010 ins Leben gerufen, um Anliegen rund um den Lehrbetrieb ein Forum einzuräumen und den Dialog zwischen Studiendekanen und Präsidium zu intensivieren. Die Leitung der Studiendekanerunde obliegt der Vizepräsidentin für Studium, Lehre und Wissenschaftliche Weiterbildung. Die Studiendekanerunde kommt bis zu vier Mal pro Jahr zusammen. Eingeladen sind neben den Studiendekanen, Dekanatsmitarbeiter*innen und Vertretern der zentralen Einheiten auch das AStA-Referat für Studienbedingungen.

Die Forschungsdekanerunde ist ein seit 2018 bestehendes Forum der Goethe-Universität. Im Juli 2018 kamen die Forschungsdekaninnen und -dekane bzw. die für Forschungsfragen zuständigen Prodekaninnen und -dekane erstmals zusammen, um mit dem Vizepräsidenten für Forschung, Nachwuchs und Transfer über relevante Forschungsthemen zu diskutieren. Ziel des Forums ist, die strategische Abstimmung zwischen der Universitätsleitung und den Fachbereichen in Forschungsfragen zu intensivieren.

Das Interne Advisory Board (IAB) wurde im Jahr 2021 eingerichtet. Zu seinen Aufgaben zählen u. a. die Beratung des Präsidiums zur weiteren Ausgestaltung der Profilbereiche und damit verbunden die Beratung bei der Antragsstellung von Verbundprojekten, das Einbringen von Nominierungsvorschlägen für hochkarätige Forschungspreise sowie von Vorschlägen für externe Expert*innen (z.B. für Evaluationsverfahren, Gutachter*innen-Tätigkeiten). Die Mitglieder wurden von ihren Profilbereichen vorgeschlagen und vom Präsidium ernannt.

Seit dem Jahr 2021 besteht das International Scientific Advisory Board (ISAB) als neues externes Beratungsgremium im Bereich Forschung. Es berät das Präsidium in forschungsstrategischen Fragen, insbesondere im Hinblick auf eine Positionierung der Goethe-Universität in der Exzellenzstrategie und die etablierten Profilbereiche. Als Mitglieder des ISAB konnten 16 externe Wissenschaftler*innen aus diversen Fachdisziplinen mit internationalem Renommee gewonnen werden.