Aktuelles
Vorlesung mit Übung: Algorithmen der Systembiologie
Masterstudiengang Bioinformatik, Modul M-ASB, ECTS: 6 CP
Anmeldung
Die Anmeldung erfolgte persönlich in der ersten Lehrveranstaltung. Bitte setzen Sie für Ihre HRZ-Email-Adresse ein alias mit Ihrem Vornamen und Nachnamen.
Vorlesung
Prüfungstermine
Die mündlichen Prüfungen finden am 20.-22.02.2024 und 26.-28.02.2024 im SR 9 in der Robert-Mayer-Straße 11-15 auf dem Campus Bockenheim statt.
Die Anmeldung für die Prüfung erfolgt ausschließlich persönlich bei Frau Geiß am XXX.2024 und XXX.2024 von 08:30-11:00 im Raum 18 in der Robert-Mayer-Straße 11-15 auf dem Campus Bockenheim. Bitte bringen Sie das ausgefüllte Formular mit, das Sie dann abgeben. Es wird von uns an das PA weitergeleitet.
AlgSB 22/23
| Datum |
Thema |
Unterlagen |
| 17.10.2023 | Einführung Systembiologie, Netzwerkeigenschaften | V01_SB_IntroductionSystemsBiology.pdf |
| 24.10.2023 | Netzwerkeigenschaften | V02_SB_network_properties.pdf |
| 31.10.2023 | Netzwerkzentralitäten, Netzwerkmotive | V03_SB_network_centralities.pdf, V04_network_motifs.pdf |
| 01.11.2023 | Jörg Chemische Reaktionsdynamik | V05_ReaktionsSysteme.pdf |
| 07.11.2023 | Jörg Bifurkation und Stabilität | V06_Bifurkationen und lokale Stabilitätsanalyse.pdf |
| 08.11.2023 | Jörg Turing-Muster/ Musterbildung | V07_Musterbildung.pdf |
| 14.11.2023 | Jörg Gillespie-Algorithmus | V08_GillespieAlgorithmus.pdf |
| 21.11.2023 | Jörg Gillespie-Algorithmus | V08_GillespieAlgorithmus.pdf |
| 28.11.2023 | Netzwerkmotive, Graph-Clustern | V04_network_motifs.pdf, V05_SB_network_clustering.pdf |
| 05.12.2023 | Graph-Clustern, Petri-Netze 1 | V05_SB_network_clustering.pdf, V12_PN_Introduction.pdf |
| 12.12.2023 | Jörg Module eines Netzwerkes | V09_Modularisierung.pdf |
| 19.12.2023 | Petri-Netze | V12_PN_Introduction.pdf |
| 09.01.2024 | Petri-Netze | V13_Applications.pdf |
| 16.01.2024 | Petri-Netze | V13_Applications.pdf |
| 30.01.2024 | Jörg Manatee-Invarianten | V13_Applications.pdf |
| 01.02.2024 | Jörg Manatee-Invarianten | V13_Applications.pdf |
| 06.02.2024 | Jörg und Ina, Leiden und Fragestunde | V14_LouvainLeiden.pdf |
Prüfungsthemen
1. Chemisches Massenwirkungsgesetz, Reaktionssystem, Anfangswertproblem, Simulation der Reaktionsdynamik
2. Stochastisches Massenwirkungsgesetz, Mastergleichung, Gillespie Algorithmus
3. Modularisierung von Netzwerken, Q-Modularität, KL Algorithmus, Spektrale Bisektion, Girwan-Newman, Louvain
4. Chemisches Gleichgewichtszustände, Lokale Stabilität, Bifurkationsanalyse, Hopf Bifurkation, Musterbildung, Turing-Instabilität
5. Petrinetze - Erreichbarkeitsanalyse
6. Petrinetze - Invariantenanalyse
7. Petrinetze - Manatee-Invarianten
8. Netzwerkzentralitäten, Netzwerkmotive
9. Netzwerkeigenschaften und Netzwerkmodelle
10. Graph-Clustern