Bachelor_Modul: Vorlesung, Übung, Praktikum: Algorithmen und Modelle der Bioinformatik

Algorithmen und Modelle der Bioinformatik

Anmeldung

Bitte füllen Sie das Anmeldeformular aus und schicken Sie per E-Mail an Frau Geiß (Scheidemantel-Geiss<at>bioinformatik.uni-frankfurt.de).


Anmeldeformular

Vorlesung

Da sich der Vorlesungsstoff zu String-Algorithmen sehr eng an das Buch „Introduction to Algorithms“ von Corman, Leiserson, Rivest, (Stein), MIT Press, (frei verfügbar unter https://epdf.pub/introduction-to-algorithms-third-edition.html) anlehnt, sowohl vom Text her als auch von den Beispielen her, beginnen wir mit dem Selbststudium unter Zuhilfenahme der Vorlesungsfolien. Ich werde den Stoff „portionsweise“ strukturieren“, so dass er gut zu schaffen ist.

Wir versuchen eine Sprechstundenschaltung einzurichten, in welcher Fragen gestellt werden können. Die Umsetzung ist derzeit seitens der Universität noch in Arbeit.

Vorlesungsunterlagen

Übungen

Es gibt die Vorlesung begleitende Übungsblätter, die Sie lösen und dann gemeinsam mit den Tutoren besprechen. Sowohl die Übungen als auch das Praktikum wird von vier Tutoren betreut. Das sind Lucas Fein, Marcel Gehrmann, Dana Hein, Yauheniya Zhdanovich. Die Tutoren werden Sie kontaktieren, um die Modalitäten zu besprechen.

Übungsunterlagen

Praktikum  

Im Praktikum implementieren Sie Algorithmen, die in der Vorlesung behandelt wurde. Die Implementierungen sind in kleine bioinformatische Aufgaben eingebettet. Die korrekte Funktion der Algorithmen und die korrekte Lösung der Aufgaben wird von den Tutoren abgenommen. Es besteht die Möglichkeit, genau einmal die Aufgaben nachzubessern.

Der erfolgreiche Abschluss des Praktikums ist Prüfungsvoraussetzung.

Praktikumsunterlagen

Prüfungen

Die Prüfungen erfolgen mündlich nach dem Ende der Vorlesungszeit vom 25.-28.  August 2020. Sie müssen sich zur Prüfung bis spätestens 14 Tage vor dem Prüfungstermin im Prüfungsamt anmelden.

Das Anmeldeformular finden Sie unter

https://www.informatik.uni-frankfurt.de/index.php/de/studierende-pruefungsamt/download-center.html

Das ausgefüllte und unterschriebene Formular schicken Sie bitte an an Frau Scheidemantel-Geiß (Email: Scheidemantel-Geiss<at>bioinformatik.uni-frankfurt.de).  Tragen Sie den Zeitraum 25.-28.  August 2020 als Termin der Prüfung ein.  Über Uhrzeit und Tag der Prüfung werden Sie per Email informiert.

 


AMBI 2020

   Termine  für zoom-Sitzungen

      

    Jeden Di. und Do. um 14:00 - 15:30

    Vorlesung

    29.04.2020 um 14:00

    Einführung zu Übungen und Praktika

    12.05., 26.05., 09.06., 23.06.

    Abgaben Übung

    20.05., 03.06., 17.06., 01.07.

    Besprechungen der Übungen

    27.05., 24.06., 22.07.

    Abgaben Praktikum

    06.05., 13.05., 27.05., 10.06., 24.06., 08.07.

    Fragestunden

   07.08.

    Letzter Termin für Verbesserung mit Codereview

Prüfungsthemen:

1) Stringmatching-Algorithmen

2) Suffix-Bäume

3) Dynamische Programmierung, MSA

4) Substitutionsmatrizen, Metriken

5) Clustern

6) Chemische Reaktionssysteme und Gleichgewichte

7) Lokale Stabilität und Bifurkationsanalyse

8) Wahrscheinlichkeit und Zufallsvariablen

9) Stochastische Prozesse und Markow Modelle

10) Viterbi Pfade

11) Netzwerkzerlegung

12 ) Petri-Netze