Der Studiengang Islamische Studien versteht sich als eine islambezogene Disziplin, welche die Islamische Theologie mit allgemeinen geistes-, kultur- und sozialwissenschaftlichen Disziplinen verbindet. Das Studium zielt auf die Befähigung zur Beschäftigung mit religiösem Quellenmaterial auf wissenschaftlicher Ebene als auch zur Auseinandersetzung mit der religiösen Glaubenspraxis und deren Vermittlung sowie zur kritischen und systematischen Reflexion auf den Glauben. Das Studium der islamischen Theologie setzt sich traditionell zusammen aus dem klassischen Kanon der islamischen Wissenschaftsdisziplinen: Koranexegese (tafsīr), Ḥadīṯwissenschaft (ḥadīṯ), Islamisches Recht (fiqh) und seine Methodik (uṣūl al-fiqh), systematische Theologie (kalām), Prophetenbiografie (sīra), Geschichte des Islams (tārīḫ al-islām) und Ideengeschichte. Das Nebenfach Islamische Studien befasst sich über die Auseinandersetzung mit der traditionellen islamischen Theologie hinaus mit der islamischen Religion im europäischen und insbesondere im deutschen Kontext.
Das Nebenfach Islamische Studien vermittelt neben einer binnenperspektivischen Sicht auf die islamische Religion interkulturelle und interreligiöse Kompetenzen.
Das Frankfurter Institut für Studien der Kultur und Religion des Islam versteht sich als eine Einrichtung, die Islamische Studien wissenschaftlich und überkonfessionell betreibt.
Praxisbezogene Ausbildungsziele bilden hierbei nicht das Kernziel; vielmehr steht die Etablierung einer wissenschaftlichen Islamischen Theologie im Vordergrund. Themen wie Menschenrechte, Umweltschutz, Gentechnik oder Bioethik sind nur einige potentielle Felder, die theologisch fundiert werden sollen. Das vorrangige Ziel der Frankfurter Islamischen Studien in Forschung und Lehre ist somit der Erwerb, die Analyse und kritische Hinterfragung des klassischen islamischen Wissens aufgrund der Primärquellen und der Anwendung in den Geisteswissenschaften etablierter Forschungsmethoden und Argumentationsstrukturen.