Das Fach Musikwissenschaft gliedert sich traditionell in die drei Bereiche Historische Musikwissenschaft, Musikethnologie und Systematische Musikwissenschaft. Am Frankfurter Institut ist die Historische Musikwissenschaft mit zwei Professuren, einer kooptierten Professur und einer Akademieprofessur vertreten, die Musikgeschichte in ihrer ganzen Breite lehren: Zu den derzeitigen Schwerpunkten gehören Interpretationsforschung, moderne Editionsphilologie, die Musik des 20. Jahrhunderts, Operngeschichte des 18. und 19. Jahrhunderts und kulturwissenschaftliche Fragestellungen. Die Musikethnologie, die mit einer Professur vertreten ist, wendet sich in der Lehre traditioneller und populärer Musik der Welt zu. Sowohl aus musikhistorischer als auch musikethnologischer Perspektive werden außerdem Lehrveranstaltungen zu Popularmusik und zu Musik, Medien und Digitalität angeboten. Im Rahmen der Kooperation mit der Hochschule für Musik und Darstellenden Kunst (HfMDK) gibt es schließlich regelmäßig Angebote, die Musikpraxis in die musikwissenschaftliche Lehre integrieren.
Das Frankfurter Institut für Musikwissenschaft, an dem derzeit ca. 600 Studierende eingeschrieben sind, gehört zum Fachbereich Sprach- und Kulturwissenschaften (FB 09) der Goethe-Universität. Den Studierenden bietet es in vielerlei Hinsicht ein anregendes Umfeld: Die Personalkonstellation der Mitarbeitenden erlaubt ein breites thematisches Angebot innerhalb der Lehre, die sich vor allem musikhistorischen und musikethnologischen Fragestellungen zuwendet. Neben einem Schwerpunkt in der europäischen Musik vom 17. bis 21. Jahrhundert sowie globalen Musikkulturen findet dort auch die Popularmusik Berücksichtigung. Denkfiguren wie Kulturtransfer bestimmen den Diskurs ebenso wie traditionelle, analysebasierte Methoden der Musikforschung. Im Rahmen der Kooperation mit dem Max-Planck Institut für Empirische Ästhetik (MPIEÄ) werden auch in regelmäßigen Abständen Lehrveranstaltungen aus dem Bereich der systematischen Musikwissenschaft, der Musikästhetik und der Musikpsychologie angeboten. Studierende erwerben fachspezifisches Kernwissen im Bereich der historischen Musikwissenschaft und der Musikethnologie, diskutieren aktuelle Fragestellungen zu Musikkulturen der Gegenwart in ihrer ganzen Breite und erlernen methodische Fähigkeiten in Bezug auf Interpretation und Performance, Musik und Medien sowie Musik und Digitalität.