Das Fach Musikwissenschaft gliedert sich traditionell in die drei Bereiche Historische Musikwissenschaft, Musikethnologie und Systematische Musikwissenschaft. Am Frankfurter Institut gehören zu den Schwerpunkten der Lehre die Musikgeschichte in ihrer ganzen Breite, Interpretationsforschung und Ästhetik, moderne Editionsphilologie, die Musik des 20. und 21. Jahrhunderts, Musiktheater, kulturwissenschaftliche Fragestellungen und Musikethnologie. Sowohl aus musikhistorischer als auch musikethnologischer Perspektive werden Lehrveranstaltungen zu Popularmusik, Sound Studies und zu Musik, Medien und Digitalität angeboten. Über die mit dem MPIEÄ kooptierte Professur werden in regelmäßigen Abständen zudem Lehrveranstaltungen aus dem Bereich der Systematischen Musikwissenschaft angeboten und die Lehre der Historischen Musikwissenschaft ergänzt. Im Rahmen der Kooperation mit der Hochschule für Musik und Darstellenden Kunst (HfMDK) gibt es regelmäßig Angebote, die Musikpraxis in die musikwissenschaftliche Lehre integrieren. 

Der Lehrplan des Frankfurter Instituts folgt dem Konzept forschungsorientierter Lehre. Neben den propädeutischen Kursen (Harmonielehre, Tonsatzanalyse, Einführungen in das musikwissenschaftliche Arbeiten und die musikalische Analyse) richtet sich das Lehrangebot vornehmlich an den aktuellen Forschungsinteressen der Lehrenden aus. Darüber hinaus werden regelmäßig berufspraktisch orientierte Seminare angeboten, die Einblicke in die vielfältigen Arbeitsfelder ermöglichen, die Musikwissenschaftler*innen nach dem Studium offenstehen.

Für den Bachelorstudiengang Musikwissenschaft (Haupt- und Nebenfach) ist das Gleichgewicht zwischen der Vermittlung fachlicher Grundlagen und Einblicken in die Forschung ebenso konstitutiv wie die kontinuierliche Einbindung von Kursen, die auf den musikwissenschaftlichen Berufsalltag vorbereiten.  

Der Masterstudiengang Musikwissenschaft ist ein forschungsorientierter Ein-Fach-Master, der die Studierenden zu selbstständiger musikwissenschaftlicher Forschung befähigt. Individuelle Schwerpunktsetzungen sind ebenso möglich wie ein vertieftes Studium über die gesamte Breite des Faches.

Neben den wissenschaftlichen Kompetenzen erwerben Absolvent*innen der Bachelor- und Masterstudiengänge Musikwissenschaft organisatorische und konzeptuelle Kompetenzen, die sie zur Aufnahme einer qualifizierten Erwerbstätigkeit und zur Übernahme verantwortungsvoller Positionen im Kultur-, Medien- und Bildungsbereich sowie in der Wirtschaft befähigen: Medienkompetenz, Problembewusstsein, Recherchepraxis, Stilsicherheit in der schriftlichen Form und die Fähigkeit zur raschen Erfassung komplexer Sachverhalte. Mögliche Tätigkeitsfelder ergeben sich beispielsweise in Opern- und Konzertinstitutionen, in der Festivaldramaturgie, im Verlagswesen, in der Edition, im Forschungsdatenmanagement, in Medien, bei Musiklabels, im Marketing und nicht zuletzt in der Forschung.