In der Universität gibt es eine Reihe von Beauftragten, Vertrauenspersonen sowie Ombudsmännern. Neben dem Personalrat als der Interessenvertretung aller Beschäftigten der Universität bestehen mit der Schwerbehindertenvertretung und der Jugend- und Auszubildendenvertretung zwei weitere, die die Interessen einzelner Bedienstetengruppen vertreten. Das Sicherheits-Management-Team (SMT) ist für die Initiierung, Kontrolle und Umsetzung der IT-Sicherheit an der Goethe-Universität zuständig.